Trong vòng hai tháng kể từ khi kết hôn với Franz Joseph I của Áo, Elisabeth đã hoài thai. Vào ngày 5 tháng 3 năm 1855, vị Hoàng hậu 17 tuổi đã hạ sinh một hoàng nữ. Đứa trẻ được rửa tội cùng ngày và được đặt tên là Sophie Friederike Dorothea Maria Josepha (theo tên mẹ của Franz Joseph I) mà Elisabeth không hề hay biết. [1] Xét cả dòng dõi từ cha lẫn mẹ của Sophie thì vị hoàng nữ nhỏ là hậu duệ của Quốc vương Maximilian I Joseph của Bayern vì cha mẹ của Sophie là anh em họ. Xét riêng dòng dõi của cha thì Sophielà hậu duệ của Hoàng đế La Mã Thần thánh cuối cùng, Franz II. Trong năm kế tiếp, Hoàng hậu Elisabeth đã hạ sinh một cô con gái khác tên là Gisela. Mặc dù cả hai chị em không cần phải được nhận sự giáo dục dành cho một vị quân chủ, nhưng Sophie và Gisela đã bị buộc rời xa Elisabeth ngay sau khi rửa tội bởi bà nội là Đại vương công phu nhân Sophie, xuất thân là Vương nữ Bayern, lấy lý do là kể Hoàng hậu còn quá trẻ để nuôi dạy hai vị hoàng nữ. [1] Elisabeth sau đó cảm thán rằng:

Bà ta đã chia cắt ta khỏi những đứa con của mình một cách tuyệt tình. Ta chỉ được gặp chúng khi Sophie cho phép. Bà ta luôn ở đó khi ta đến thăm con. Sau cùng ta chỉ có thể chấp nhận thua thiệt trước bà ta và hiếm khi gặp chúng.

Dù Elisabeth đã cầu xin Franz Joseph I thảo luận vấn đề này với mẹ chồng nhiều lần nhưng đều không thành công. [1] Cuối cùng, Franz Joseph I cũng đã lên tiếng giúp vợ và Elisabeth cuối cùng đã bày tỏ mong muốn của mình với mẹ chồng một cách cởi mở và thậm chí còn được đưa các cô con gái đi cùng mỗi khi Elisabeth đi công du. [1]